Đối với việc thu thập mẫu bệnh phẩm, Thông tư quy định: Người thực hiện việc lấy mẫu bệnh phẩm phải có kỹ năng thu thập mẫu bệnh phẩm; phải bảo đảm an toàn và tránh lây nhiễm đối với người đi lấy mẫu, người cùng làm việc, nhân viên phòng xét nghiệm và người bệnh.
Mẫu bệnh phẩm sau khi lấy phải được bảo quản trong môi trường và nhiệt độ qui định. Mẫu bệnh phẩm chứa chất lây nhiễm loại A, loại B phải được đóng gói riêng biệt, không chung với các loại hàng hoá khác, bao gồm 3 lớp. Mẫu bệnh phẩm phải được dán nhãn trên mỗi ống đựng.
Đối với việc vận chuyển mẫu bệnh phẩm, Thông tư quy định:
Đơn vị lấy mẫu thông báo cho phòng xét nghiệm ngày gửi mẫu bệnh phẩm, phương tiện vận chuyển và thời gian dự kiến sẽ tới phòng xét nghiệm.
Đơn vị lấy mẫu lựa chọn phương tiện vận chuyển, bảo đảm thời gian vận chuyển ngắn nhất nhưng không vượt quá thời gian bảo quản đối với từng loại mẫu bệnh phẩm.
Khi xảy ra sự cố bị tràn đổ trong quá trình vận chuyển, cần phải làm sạch hoặc khử trùng, khử khuẩn khu vực bị ảnh hưởng càng sớm càng tốt, bất kể là tác nhân nào; phong tỏa khu vực xảy ra sự cố; sử dụng găng tay, quần áo bảo hộ, mặt nạ hoặc kính tuỳ theo từng loại tác nhân gây bệnh; phủ vải hoặc giấy thấm lên toàn bộ vị trí bị tràn đổ; đổ chất khử trùng, khử khuẩn thích hợp lên vải hoặc giấy thấm; dọn sạch sau khoảng 30 phút, thu gom các vật liệu bị nhiễm vào một thùng chứa rác thải chống rò rỉ.
Về điều kiện đối với cơ sở bảo quản, lưu giữ, sử dụng, nghiên cứu, trao đổi và tiêu huỷ mẫu bệnh phẩm chứa chất lây nhiễm loại A, Thông tư quy định:
Cơ sở quản lý mẫu bệnh phẩm chứa chất lây nhiễm loại A phải là các cơ quan, tổ chức, cá nhân có chức năng xét nghiệm, nghiên cứu, bảo quản, lưu giữ, sử dụng và tiêu huỷ mẫu bệnh phẩm được phép thu thập, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, xét nghiệm, lưu giữ và nghiên cứu mẫu bệnh phẩm và đạt tiêu chuẩn Phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp III. Các phòng xét nghiệm đạt tiêu chuẩn an toàn sinh học cấp II chỉ được phép lưu giữ tạm thời mẫu bệnh phẩm chứa chất lây nhiễm loại A, sau đó phải chuyển tới phòng xét nghiệm đạt tiêu chuẩn an toàn sinh học cấp III trong thời gian sớm nhất.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/01/2012.