Cơ quan thu lệ phí là các cơ quan nhà nước thuộc Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và Uỷ ban nhân dân thành phố thuộc tỉnh, thị xã, quận, huyện khi cấp giấy phép quy hoạch có nhiệm vụ tổ chức thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí cấp giấy phép quy hoạch. Mức thu lệ phí cấp giấy phép quy hoạch: 2.000.000đ (hai triệu đồng)/01 giấy phép. Cơ quan thu lệ phí cấp giấy phép quy hoạch có trách nhiệm đăng ký, kê khai nộp lệ phí vào ngân sách nhà nước. Cơ quan thu lệ phí được trích để lại 10% (mười phần trăm) trên tổng số tiền lệ phí thực thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi phí cho việc thu lệ phí cấp giấy phép quy hoạch.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 02/4/2012.