Theo quy định tại Quyết định này, danh mục hồ sơ kiểm toán của một cuộc kiểm toán gồm: Hồ sơ kiểm toán chung, hồ sơ kiểm toán chi tiết và hồ sơ kiểm toán sau khi phát hành báo cáo kiểm toán.
Thông tư quy định việc nộp lưu hồ sơ kiểm toán, cụ thể: Chậm nhất 01 tháng kể từ ngày phát hành Báo cáo kiểm toán của Đoàn kiểm toán, Trưởng Đoàn kiểm toán có trách nhiệm lập mục lục và nộp hồ sơ kiểm toán của Đoàn kiểm toán vào lưu trữ tại phòng Tổng hợp thuộc Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành (khu vực).
Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày phát hành Báo cáo kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm lập và nộp hồ sơ kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán vào lưu trữ tại phòng Tổng hợp thuộc Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành (khu vực).
Chậm nhất 24 tháng kể từ ngày 31 tháng 12 năm phát hành Báo cáo kiểm toán của Đoàn kiểm toán, hồ sơ kiểm toán lưu trữ tại Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành (do phòng Tổng hợp thuộc Kiểm toán Nhà nước chuyên ngành quản lý) phải nộp vào lưu trữ của Kiểm toán Nhà nước (do Văn phòng Kiểm toán Nhà nước quản lý); hồ sơ kiểm toán lưu trữ tại phòng Tổng hợp thuộc Kiểm toán Nhà nước khu vực phải nộp vào lưu trữ của Kiểm toán Nhà nước khu vực (do Văn phòng Kiểm toán Nhà nước khu vực quản lý). Trường hợp cần giữ lại hồ sơ đến hạn nộp lưu, Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành phải lập danh mục hồ sơ giữ lại và gửi cho Văn phòng Kiểm toán Nhà nước xem xét, giải quyết; thời hạn giữ lại thêm không quá 12 tháng tính từ ngày đến hạn nộp lưu.
Hồ sơ kiểm toán được khai thác trong các trường hợp sau: Có yêu cầu của Toà án, Viện kiểm sát, cơ quan điều tra và các cơ quan khác theo quy định của pháp luật; có yêu cầu giám định, kiểm tra, thanh tra, kiểm soát chất lượng kiểm toán, kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; giải quyết kiến nghị về báo cáo kiểm toán, các khiếu nại, tố cáo; có yêu cầu phục vụ công tác lập kế hoạch kiểm toán kỳ sau; nghiên cứu khoa học, đào tạo, tập huấn của Kiểm toán Nhà nước; các trường hợp khác theo quyết định của Tổng Kiểm toán Nhà nước.
Quy định cũng chỉ rõ, Tổng Kiểm toán Nhà nước có quyền quyết định việc khai thác hồ sơ khi có yêu cầu của Toà án, Viện kiểm sát, cơ quan điều tra, các cơ quan khác theo quy định của pháp luật và trong các trường hợp do Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định. Chánh Văn phòng Kiểm toán Nhà nước và Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc Kiểm toán Nhà nước quyết định việc cho phép khai thác hồ sơ kiểm toán do đơn vị mình quản lý khi có yêu cầu giám định, kiểm tra, thanh tra, kiểm soát chất lượng kiểm toán, kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán; giải quyết kiến nghị về báo cáo kiểm toán, các khiếu nại, tố cáo và khi có yêu cầu phục vụ công tác lập kế hoạch kiểm toán kỳ sau; nghiên cứu khoa học, đào tạo, tập huấn của Kiểm toán Nhà nước.
Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày, kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 05/2008/QĐ-KTNN ngày 01/4/2008 của Tổng Kiểm toán Nhà nước ban hành Quy định danh mục hồ sơ kiểm toán; chế độ nộp lưu, bảo quản, khai thác và tiêu hủy hồ sơ kiểm toán.