Nghị định quy định mức phạt đối với hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải như sau: phạt từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vào, rời vùng đất cảng hoặc lên tàu thuyền không được phép của cơ quan hoặc người có thẩm quyền; từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi sử dụng người lao động không có giấy phép, chứng chỉ hành nghề; từ 30.000.000 đồng đến 60.000.000 đồng đối với hành vi khai thác cảng không đúng với chức năng của cảng hoặc cho tàu thuyền cập cầu cảng khi cầu cảng chưa được phép đưa vào khai thác, sử dụng… Đặc biệt, xử phạt từ 80.000.000 đồng đến 100.000.000 đồng đối với hành vi bên thuê lại cho thuê kết cấu hạ tầng bến cảng, cầu cảng được thuê; từ 50.000.000 đồng đến 100.000 đồng đối với hành vi xả nước hoặc chất thải có lẫn hóa chất độc hại xuống cầu cảng hoặc vùng nước cảng biển…
Còn đối với mức xử phạt hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông đường thủy nội địa, mức xử phạt thấp nhất là 50.000 đồng đến 100.000 đối với hành vi đổ rác hoặc rơm, rạ xuống đường thủy nội địa, vùng nước cảng, bến thủy nội địa; buộc động vật vào báo hiệu đường thủy nội địa, mốc thủy chí, mốc đo đạc hoặc mốc giới hạn phạm vi hành lang bảo vệ luồng; cao nhất là phạt tiền từ 35.000.000 đồng đến 40.000.000 đồng đối với hành vi tổ chức đua phương tiện khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền….
Ngoài hình thức xử phạt bằng tiền, cá nhân hoặc tổ chức có hành vi vi phạm trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa còn có thể bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung, như: Tước quyền sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng; đình chỉ hoạt động có thời hạn từ 01 tháng đến 24 tháng; tịch thu phương tiện, tang vật vi phạm…
Mức phạt tiền tối đa quy định tại Nghị định này là mức phạt áp dụng đối với cá nhân. Trong trường hợp phạt tiền đối với cùng một hành vi vi phạm, mức phạt đối với tổ chức gấp 02 lần mức phạt đối với cá nhân.
Cũng theo Nghị định này, thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giao thông hàng hải, đường thủy nội địa là 01 năm. Riêng đối với hành vi vi phạm về xây dựng cảng biển, công trình hàng hải và công trình thuộc kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa, môi trường, xuất cảnh, nhập cảnh của tàu thuyền viên và hành khách có thời hiệu xử phạt là 02 năm.
Theo phân cấp thẩm quyền, thanh tra viên thuộc thanh tra Bộ Giao thông vận tải, Thanh tra viên chuyên ngành hàng hải, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành hàng hải đang thi hành công vụ có quyền phạt tiền và tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính có giá trị đến 500.000 đồng; Chánh Thanh tra Cục Hàng hải Việt Nam, Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành Cục Hàng hải Việt Nam có quyền phạt tiền đến 50.000.000 đồng; trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành Bộ Giao thông vận tải có quyền phạt tiền đến 70.000.000 đồng; Chánh Thanh tra Bộ Giao thông vận tải, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có quyền phạt tiền đến 100.000.000 đồng;…
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/10/2013.