Theo Nghị định, Đại học quốc gia là cơ sở giáo dục đại học công lập bao gồm tổ hợp các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên thuộc các lĩnh vực chuyên môn khác nhau, tổ chức theo hai cấp để đào tạo các trình độ của giáo dục đại học; là trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học, công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao, được Nhà nước ưu tiên đầu tư phát triển. Đại học quốc gia có tư cách pháp nhân, có con dấu hình Quốc huy và tài khoản riêng. Đại học quốc gia có nhiệm vụ xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển của Đại học quốc gia; tổ chức các hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế theo quy định pháp luật; quản lý, điều hành, chia sẻ các nguồn lực, cơ sở vật chất dùng chung trong Đại học quốc gia; được quyền tự chủ cao trong các hoạt động về đào tạo, nghiên cứu khoa học, tài chính, quan hệ quốc tế và tổ chức bộ máy theo Quy chế tổ chức và hoạt động của Đại học quốc gia; được phê duyệt chương trình liên kết đào tạo với nước ngoài trình độ đại học, thạc sỹ, tiến sỹ tổ chức tại Đại học quốc gia theo quy định của pháp luật…
Cơ cấu tổ chức của Đại học quốc gia thực hiện theo quy định của Luật giáo dục đại học và được cụ thể hoá trong Quy chế tổ chức và hoạt động của Đại học quốc gia và các cơ sở giáo dục đại học thành viên do Thủ tướng Chính phủ ban hành.
Nghị định cũng quy định nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng Đại học quốc gia, trong đó có quy định về Giám đốc, Phó Giám đốc Đại học quốc gia với những nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2014 và thay thế Nghị định số 07/2001/NĐ-CP ngày 01 tháng 02 năm 2001 của Chính phủ về Đại học quốc gia.