Việc xác định tiền thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm, tiền thuê đất trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê thực hiện theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 12 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP. Số tiền thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước được xác định sau khi đã được trừ (-) đi số tiền thuê đất được miễn, giảm (nếu có) và tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP. Trường hợp tổ chức kinh tế nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất nông nghiệp hợp pháp của hộ gia đình, cá nhân để thực hiện dự án đầu tư phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất mà phải chuyển mục đích sử dụng đất sau khi nhận chuyển nhượng và phải thực hiện nghĩa vụ tài chính về nộp tiền thuê đất thì được trừ số tiền đã trả để nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất vào số tiền thuê đất phải nộp; số tiền được trừ vào tiền thuê đất phải nộp được xác định theo giá đất của mục đích đất nhận chuyển nhượng tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất nhưng không vượt quá số tiền phải bồi thường, hỗ trợ tương ứng với trường hợp Nhà nước thu hồi đất. Trường hợp hộ gia đình, cá nhân được Nhà nước giao đất nông nghiệp trong hạn mức sử dụng đất nông nghiệp, nay được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất sang mục đích sản xuất kinh, doanh phi nông nghiệp mà lựa chọn hình thức thuê đất thì được trừ giá trị quyền sử dụng đất nông nghiệp vào tiền thuê đất phải nộp; mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.
Về tiền thuê đất xây dựng công trình ngầm, Sở Tài chính phối hợp với các cơ quan có liên quan xây dựng và trình UBND cấp tỉnh ban hành quy định mức đơn giá đất xây dựng công trình ngầm không gắn với công trình xây dựng trên mặt đất có mục đích kinh doanh phù hợp với điều kiện kinh tế xã hội của địa phương. Đơn giá thuê đất trong trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm để xây dựng công trình ngầm được ổn định 05 năm. Hết chu kỳ ổn định đơn giá thuê đất, cơ quan thuế thực hiện điều chỉnh lại đơn giá thuê đất xây dựng công trình ngầm theo chính sách và giá đất tại thời điểm điều chỉnh.
Về tiền thuê mặt nước, số tiền thuê mặt nước phải nộp được xác định theo quy định tại Khoản 3 Điều 12 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP. Căn cứ vào khung giá thuê mặt nước quy định tại Khoản 1 Điều 7 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP, Sở Tài chính chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan trình UBND cấp tỉnh quyết định đơn giá thuê mặt nước của từng dự án cụ thể (Dự án sử dụng mặt nước cố định là mặt nước sử dụng cho dự án hoạt động cố định tại một địa điểm nhất định - xác định rõ địa điểm, tọa độ cố định mặt nước cho thuê trong suốt thời gian thực hiện dự án; dự án sử dụng mặt nước không cố định là mặt nước cho thuê không xác định rõ được địa điểm, không xác định rõ giới hạn trong phạm vi tọa độ nhất định để cho thuê và dự án hoạt động không cố định tại một địa điểm mặt nước nhất định). Riêng đối với dự án khai thác dầu khí ở lãnh hải và thềm lục địa Việt Nam, diện tích để tính tiền thuê mặt nước (mặt biển) là diện tích được giao để thăm dò, khai thác dầu khí; đơn giá thuê mặt nước (mặt biển) được áp dụng ở mức giá tối đa của khung giá thuê mặt nước quy định tại Khoản 1 Điều 7 Nghị định số 46/ 2014/NĐ-CP và được ổn định 05 năm theo quy định tại Khoản 2 Điều 14 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP hoặc theo các cam kết riêng của Chính phủ Việt Nam với Chính phủ hoặc tổ chức nước ngoài theo các Hiệp định đã ký kết. Thời điểm tính tiền thuê mặt nước (mặt biển) được tính từ thời điểm được giao mặt nước để thăm dò, khai thác dầu khí.
Thông tư cũng quy định việc xử lý một số nội dung chuyển tiếp. Cụ thể, đối với UBND cấp tỉnh chưa ban hành được hệ số điều chỉnh giá đất theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư này thì được tiếp tục sử dụng hệ số điều chỉnh giá đất đã ban hành của năm 2014 đến hết ngày 31/12/2014 để xác định đơn giá thuê đất. Trường hợp được Nhà nước giao đất và đã nộp tiền sử dụng đất trước ngày 01/7/2014, nay có nhu cầu chuyển sang thuê đất thì không phải nộp tiền thuê đất cho thời hạn sử dụng đất còn lại, nếu thời gian thuê đất dài hơn thời hạn sử dụng đất còn lại trước khi chuyển sang thuê đất thì phải nộp tiền thuê đất cho khoảng thời gian kéo dài. Trường hợp đã được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất trước ngày 01/7/2014, khi chuyển sang thuê đất thì phải nộp tiền thuê đất…
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/8/2014. Các trường hợp phát sinh kể từ ngày 01/7/2014 được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước và hướng dẫn tại Thông tư này.
Thông tư này thay thế Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước; Thông tư số 141/2007/TT-BTC ngày 30/11/2007 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005; Thông tư số 94/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005; bãi bỏ Mẫu số 01/TMĐN, Mẫu số 02/TMĐN, Mẫu số 03/MGTH ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 05/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.