Theo Thông tư liên tịch, nguồn kinh phí thực hiện các nhiệm vụ, dự án của Chương trình, gồm: Ngân sách nhà nước, theo phân cấp ngân sách hiện hành và các nguồn huy động hợp pháp khác. Ngân sách Trung ương bảo đảm chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp kinh tế; chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp môi trường; chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp đào tạo; chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp nghiên cứu khoa học. Ngân sách địa phương bảo đảm chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp kinh tế; chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp môi trường; chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp đào tạo và chi từ nguồn kinh phí sự nghiệp nghiên cứu khoa học.
Bên cạnh đó, Thông tư liên tịch còn quy định mức chi thực hiện các nhiệm vụ, dự án; lập dự toán và quyết toán ngân sách nhà nước; công tác báo cáo, thanh tra và kiểm tra.
Thông tư liên tịch này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 22 tháng 8 năm 2014.