Theo đó, chủ thể quyền sở hữu quyền sở hữu trí tuệ, chủ sở hữu của hàng thật bị làm giả hoặc người đại diện theo ủy quyền hợp pháp được tham gia cùng với cơ quan hải quan vào các hoạt động kiểm tra, giám sát, kiểm soát, xác minh, thu thập chứng cứ xác định hàng hóa xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, hàng giả, quá trình xử lý hàng hóa, tang vật vi phạm, trừ trường hợp cần thiết bảo vệ bí mật thương mại, bí mật Nhà nước theo quy định của pháp luật.
Vể kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng giả trong quá trình làm thủ tục hải quan, khi phát hiện hàng hóa có dấu hiệu vi phạm, Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi phát hiện hàng hóa vi phạm xem xét quyết định áp dụng các biện pháp ngăn chặn vi phạm hành chính và bảo đảm việc xử phạt hành chính theo quy định hiện hành và tiến hành các biện pháp xác minh về hàng hóa. Trường hợp phát hiện hàng hóa có dấu hiệu vi phạm theo thông tin do chủ sở hữu hàng thật bị làm giả cung cấp, Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi phát hiện hàng hóa có nghi ngờ vi phạm có trách nhiệm thông báo ngay cho chủ sở hữu hàng thật bị làm giả biết, đồng thời xem xét quyết định áp dụng các biện ngăn chặn vi phạm hành chính và bảo đảm việc xử phạt hành chính theo quy định hiện hành và tiến hành các biện pháp xác minh về hàng hóa.
Kết thúc thời hạn tạm giữ hoặc thời gian áp dụng các biện pháp ngăn chặn theo quy định, nếu đủ cơ sở kết luận hàng hóa bị nghi ngờ là hàng giả, cơ quan hải quan tiến hành xử lý vi phạm hành chính. Trường hợp hàng hóa vi phạm có dấu hiệu tội phạm theo quy định tại Bộ luật hình sự, cơ quan hải quan có trách nhiệm chuyển giao cho cơ quan có thẩm quyền để tiến hành điều tra, khởi tố theo quy định của pháp luật. Hoàn thành thủ tục hải quan cho lô hàng trong trường hợp kết luận hàng hóa không phải là hàng giả.
Về kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa liên quan đến quyền sở hữu trí tuệ trong quá trình làm thủ tục hải quan, khi phát hiện hàng hóa có nghi ngờ xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, Chi cục Hải quan thực hiện việc thông báo cho người nộp đơn về hàng hóa có nghi ngờ, đồng thời fax cho người nộp đơn biết. Trong thời gian ba (03) ngày làm việc kể từ ngày ra thông báo về hàng hóa có nghi ngờ, Chi cục Hải quan có trách nhiệm: Quyết định tạm dừng làm thủ tục hải quan sau khi nhận được Đơn yêu cầu tạm dừng làm thủ tục hải quan và khoản tiền đảm bảo (bằng 20% giá trị lô hàng cần áp dụng biện pháp tạm dừng làm thủ tục hải quan hoặc tối thiểu hai mươi triệu đồng nếu không thể xác định được giá trị lô hàng đó) hoặc chứng từ bảo lãnh của ngân hàng hoặc của tổ chức tín dụng khác; trường hợp có đủ cơ sở khẳng định hàng hóa bị thông báo là giả mạo về sở hữu trí tuệ, Lãnh đạo Chi cục xem xét quyết định áp dụng ngay các biện pháp hành chính để xử lý, đồng thời phối hợp với lực lượng kiểm soát các cấp để xác minh, thu thập thông tin về hàng hóa theo quy định; trong trường hợp không nhận được Đơn yêu cầu tạm dừng làm thủ tục hải quan, không nhận được khoản tiền bảo đảm hoặc chứng từ bảo lãnh thì Chi cục hải quan tiếp tục làm thủ tục hải quan cho lô hàng.
Trường hợp không có thông tin yêu cầu bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ nhưng trong quá trình kiểm tra, Chi cục Hải quan phát hiện và có nghi ngờ hàng hóa nhập khẩu giả mạo về sở hữu trí tuệ, Lãnh đạo Chi cục Hải quan chỉ đạo việc kiểm tra thực tế hàng hóa, lấy mẫu hoặc chụp ảnh về hàng hóa, trao đổi và cung cấp thông tin liên quan với đơn vị chuyên trách về sở hữu trí tuệ tại Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố để quyết định việc hoàn thành thủ tục hải quan hoặc tạm giữ hàng hóa nếu xác định nghi vấn là có cơ sở.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 19 tháng 5 năm 2011, thay thế các văn bản hướng dẫn trước đây trái với quy định tại Thông tư này.