Thông tư này quy định điều kiện, điều tra, thiết kế, hồ sơ, thẩm định, phê duyệt thiết kế cải tạo rừng tự nhiên nghèo kiệt là rừng sản xuất trong phạm vi cả nước.
Theo đó, Bộ Nông nghiệp cho phép các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư thôn trong nước là chủ rừng được áp dụng biện pháp cải tạo rừng tự nhiên nghèo kiệt, không có khả năng phục hồi thành rừng tái sinh tự nhiên bằng cách trồng lại cây rừng và cây đa tác dụng thân gỗ, có tán che như cây rừng để khôi phục thành rừng có năng suất, chất lượng, hiệu quả kinh tế, xã hội và môi trường cao hơn.
Khu rừng tự nhiên ở trạng thái nghèo kiệt áp dụng biện pháp cải tạo phải đáp ứng đủ các điều kiện sau: thuộc quy hoạch rừng sản xuất được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt, giao; có dự án và kế hoạch được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; cấu trúc tầng tán rừng đã bị phá vỡ; cây mục đích phân bố không đều trong lô rừng; độ tán che của cây gỗ có đường kính tại vị trí 1,3 mét trên mặt đất từ 08 cen-ti-mét trở lên nhỏ hơn 0,3 trên một lô rừng; điều kiện lập địa phù hợp với đặc tính sinh trưởng và phát triển của các loài cây trồng để cải tạo rừng nghèo kiệt. Trường hợp cải tạo rừng toàn diện thì diện tích tối đa được cải tạo một lần không quá 200 (hai trăm) héc-ta trong một tiểu khu rừng, khi cây trồng trên diện tích đó đủ tiêu chí thành rừng mới được thực hiện ở diện tích rừng nghèo kiệt liền kề và đáp ứng tiêu chí cụ thể được quy định tại Thông tư đối với từng loại rừng như: Rừng gỗ lá rộng thường xanh và nửa rụng lá; Rừng lá rộng rụng lá theo mùa; Rừng lá kim; Rừng tràm; Rừng ngập mặn; Rừng hỗn loài tre nứa và gỗ.
Ngoài ra, Thông tư cũng quy định các tổ chức, hộ gia đình, cộng đồng dân cư thôn cải tạo rừng phải thực hiện đúng trình tự, thủ tục, hồ sơ theo như quy định; đồng thời, phải thực hiện ngay việc trồng lại rừng và hoàn thành trồng lại trên toàn bộ diện tích cải tạo trong thời hạn 12 tháng kể từ thời điểm khai thác, phát dọn thực bì rừng tự nhiên nghèo kiệt. Chủ rừng có trách nhiệm tổ chức thực hiện, kiểm tra, giám sát việc cải tạo rừng theo đúng quy định tại Thông tư này và quy định của pháp luật.
Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt hồ sơ thiết kế cải tạo rừng chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết quả phê duyệt hồ sơ cải tạo rừng.
Bãi bỏ Khoản 2, Mục II, Thông tư số 99/2006/TT-BNN ngày 06/11/2006 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc hướng dẫn thực hiện một số điều của Quy chế quản lý rừng ban hành kèm theo Quyết định số 186/2006/QĐ-TTg ngày 14/8/2006 của Thủ tướng Chính phủ; Khoản 3, 4, Điều 4 và Điều 5, Thông tư số 58/2009/TT-BNNPTNT ngày 09/9/2009 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc hướng dẫn việc trồng Cao su trên đất lâm nghiệp.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 21 tháng 12 năm 2012.