Theo đó, cơ cấu tổ chức, tên gọi của bộ phận tham mưu công tác thanh tra chuyên ngành tại các Tổng cục, Cục, Chi cục Thuế được quy định như sau:
Tại các Tổng cục tổ chức thành Vụ, (trừ Uỷ ban chứng khoán Nhà nước); tên gọi cụ thể của Vụ theo quy định của Thủ tướng Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Tổng cục.
Tại Cục Quản lý, giám sát bảo hiểm tổ chức thành Phòng Thanh tra, kiểm tra. Cục trưởng Cục Quản lý, giám sát bảo hiểm.
Tại Cục thuộc Tổng cục tổ chức thành Phòng Thanh tra, kiểm tra. Riêng Cục Thuế thuộc Tổng cục Thuế tổ chức thành Phòng Thanh tra. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế căn cứ quy mô và nhiệm vụ quản lý được giao của các Cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định số lượng các Phòng Thanh tra của Cục Thuế. Đối với Cục Thuế thành lập nhiều Phòng Thanh tra thì phải phân công 01 Phòng chịu trách nhiệm là đầu mối tổng hợp hoạt động thanh tra chuyên ngành của Cục.
Tổng cục trưởng căn cứ nhiệm vụ, quyền hạn quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn của Phòng Thanh tra, kiểm tra hoặc Phòng Thanh tra.
Tại Chi cục Thuế tổ chức thành Đội Thanh tra. Việc thành lập các Đội thanh tra ở Chi cục Thuế giao Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế căn cứ chức năng, địa bàn, đối tượng quản lý và số thu vào ngân sách nhà nước để quyết định.
Tên gọi, cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của tổ chức Thanh tra chuyên ngành thuộc Uỷ ban chứng khoán Nhà nước được quy định tại Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Uỷ ban chứng khoán Nhà nước.
Thông tư quy định, kế hoạch thanh tra hàng năm được lập trên cơ sở yêu cầu quản lý của ngành, lĩnh vực; căn cứ hướng dẫn, định hướng của cơ quan cấp trên và việc đánh giá, phân tích thông tin về đối tượng.
Kế hoạch thanh tra hàng năm đã phê duyệt được điều chỉnh nếu thuộc một trong các trường hợp sau: Theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan quản lý cấp trên; đề xuất của Chánh Thanh tra Bộ Tài chính, Chánh Thanh tra Sở Tài chính; đề xuất của Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành
Thanh tra Bộ Tài chính, các Tổng cục, Cục, Chi cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Thanh tra Sở Tài chính có trách nhiệm thực hiện các loại báo cáo về công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại tố cáo và phòng chống tham nhũng gửi cơ quan quản lý cấp trên trực tiếp.
Các Tổng cục có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn các đơn vị trực thuộc thực hiện chế độ thông tin báo cáo theo các nội dung quy định, tổng hợp chung của toàn ngành, gửi về Thanh tra Bộ Tài chính để tổng hợp, báo cáo Bộ.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 10 tháng 3 năm 2013. Bãi bỏ Thông tư số 109/2010/TT-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc sửa đổi, bổ sung một số quy định về mẫu thẻ thanh tra và việc quản lý sử dụng thẻ thanh tra thuộc Bộ Tài chính ban hành kèm theo Quyết định số 41/2008/QĐ-BTC. Bãi bỏ những nội dung quy định về hoạt động thanh tra tại Quyết định số 32/2006/QĐ-BTC ngày 06/6/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Quy chế về hoạt động thanh tra, kiểm tra tài chính.