Theo Thông tư này Bộ Tài chính quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sát hạch cấp giấy phép lái tàu, từ ngày 10/6/2013, mức thu phí sát hạch lần đầu là 400.000 đồng/lần/thí sinh. Mức thu phí sát hạch lại là: 200.000 đồng/lần/thí sinh. (Quy định cũ tại Quyết định số 17/2007/QĐ-BTC ngày 21/3/2007 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, mức phí sát hạch lái tàu là 160.000 đồng/lần/thí sinh; Lệ phí cấp, đổi Giấy phép lái tàu là 100.000 đồng/lần/giấy phép).
Phí sát hạch cấp giấy phép lái tàu là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước, cơ quan thu phí được trích lại 90% tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc tổ chức sát hạch, thu phí theo quy định; nộp số tiền phí còn lại (10%) vào ngân sách nhà nước theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Các nội dung khác liên quan đến việc đăng ký, kê khai, thu, nộp, quản lý, sử dụng, công khai chế độ thu phí sát hạch cấp giấy phép lái tàu không quy định tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí, Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002, Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ, Thông tư số 153/2012/TT-BTC ngày 17/9/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc in, phát hành, quản lý và sử dụng các loại chứng từ thu tiền phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/6/2013. Bãi bỏ các nội dung quy định về phí sát hạch lái tàu tại Quyết định số 17/2007/QĐ-BTC ngày 21/3/2007 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý, sử dụng phí sát hạch lái tàu, lệ phí cấp giấy phép lái tàu và Giấy chứng nhận đăng ký phương tiện giao thông đường sắt.