Thông tư cũng quy định, lệ phí cấp lại, điều chỉnh Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán đối với doanh nghiệp kiểm toán, chi nhánh doanh nghiệp kiểm toán nước ngoài tại Việt Nam là cấp lại do doanh nghiệp kiểm toán chia, tách, hợp nhất, chuyển đổi hình thức sở hữu: 4.000.000 đồng/hồ sơ; cấp lại do bị mất, hỏng: 1.000.000 đồng/ hồ sơ; điều chỉnh: 2.000.000 đồng/hồ sơ.
Lệ phí cấp lần đầu hoặc cấp lại do hết thời hạn Giấy chứng nhận đăng ký hành nghề kiểm toán đối với cá nhân Việt Nam và nước ngoài khi đề nghị cấp Giấy chứng nhận đăng ký hành nghề kiểm toán là 1.200.000 đồng/hồ sơ; cấp lại do bị thu hồi: 800.000 đồng/hồ sơ; cấp lại do bị mất, hỏng: 300.000 đồng/hồ sơ; điều chỉnh: 800.000 đồng/hồ sơ.
Cơ quan thu lệ phí là cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán và Giấy chứng nhận đăng ký hành nghề kiểm toán.
Lệ phí cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán và lệ phí cấp Giấy chứng nhận đăng ký hành nghề kiểm toán là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu lệ phí cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán và lệ phí cấp Giấy chứng nhận đăng ký hành nghề kiểm toán nộp 100% (một trăm phần trăm) tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục Ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 22/7/2013.
Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, công khai chế độ thu lệ phí không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Thông tư số 153/2012/TT-BTC ngày 17/9/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc phát hành, sử dụng chứng từ thu phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước.