Theo đó, tổ chức, cá nhân Việt Nam, tổ chức, cá nhân nước ngoài có hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản thì tùy theo mức độ vi phạm sẽ chịu mức phạt thấp nhất là 300.000 đồng, và mức phạt tiền tối đa đối với cá nhân là 100.000.000 đồng và mức phạt tiền tối đa đối với tổ chức là 200.000.000 đồng. Mức phạt tiền đối với tổ chức vi phạm gấp hai lần mức phạt tiền đối với cá nhân.
Cụ thể, hành vi hủy hoại rạn san hô, thảm cỏ biển, thảm rong biển phải chịu mức phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng; hành vi khai thác, mua bán, vận chuyển san hô thì tùy theo khối lượng san hô sẽ bị phạt từ 500.000 đồng đến 20.000.000 đồng; hành vi khai thác thủy sản mà khối lượng các loài thủy sản có kích thước nhỏ hơn kích thước cho phép thì bị phạt đến 12.000.000 đồng nếu khối lượng vượt quá mức cho phép từ 300 kg trở lên; phạt đến 40.000.000 đồng đối với hành vi khai thác, mua bán, thu gom, nuôi, lưu giữ, sơ chế, chế biến các loài thủy sinh quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng lớn; chủ tàu cá hoặc thuyền trưởng có hành vi cố ý đưa tàu cá, ngư dân Việt Nam đi khai thác thủy sản trái phép tại vùng biển của quốc gia hoặc lãnh thổ khác bị phạt tiền từ 50.000.000 đồng đến 70.000.000 đồng; tàu cá nước ngoài hoạt động trong vùng biển Việt mà không có giấy phép hoạt động thủy sản sẽ bị phạt tiền từ 80.000.000 đến 100.000.000 đồng….
Trường hợp sử dụng giấy phép khai thác thủy sản đã hết hạn, nếu quá hạn dưới 15 ngày thì chỉ bị phạt cảnh cáo, từ 15 ngày trở lên sẽ phạt tiền, mức phạt thấp nhất là 500.000đ và tối đa là 10.000.000 đồng; hành vi sử dụng giấy phép khai thác thủy sản làm giả, tẩy xóa, sửa chữa làm sai lệch nội dung thì bị phạt từ 500.000 đồng đến 12.000.000 đồng; nếu đánh dấu nhận biết tàu cá sai quy định của pháp luật sẽ bị phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng; và phạt tiền từ 1.500.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với hành vi không đánh dấu nhận biết tàu cá; phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với hành vi không có sổ nhật ký khai thác thủy sản.
Bên cạnh các biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Luật xử lý vi phạm hành chính, cá nhân, tổ chức vi phạm còn phải thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả như: Buộc thả số thủy sản còn sống trở lại môi trường sống của chúng; chuyển giao số thủy sinh quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng đã chết cho cơ quan có thẩm quyền để xử lý theo quy định của pháp luật; buộc tháo dỡ, di chuyển lồng, bè nuôi trồng thủy sản; buộc tháo dỡ hoặc di chuyển các mốc phân định ranh giới để trả lại mặt nước biển sử dụng vượt quá hạn mức…..
Thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thủy sản: Chủ tịch UBND cấp xã có quyền xử phạt đến 5.000.000 đồng; chủ tịch UBND cấp huyện có quyền phạt tiền đến 50.000.000 đồng; chủ tịch UBND cấp tỉnh có quyền phạt tiền đến 100.000.000 đồng; thanh tra viên chuyên ngành, công chức được phạt tiền đến 500.000 đồng; chánh Thanh tra Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Chi cục trưởng Chi cục quản lý chuyên ngành thủy sản có quyền phạt tiền đến 50.000.000 đồng; tổng cục trưởng Tổng cục Thủy sản, Chánh Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có quyền phạt tiền đến 100.000.000 đồng; trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành thủy sản Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có quyền phạt tiền đến 70.000.000 đồng; ngoài ra kiểm ngư viên, cảnh sát biển, bộ đội biên phòng, cảnh sát đường thủy, công an, quản lý thị trường… cũng có quyền xử phạt vi phạm hành chính về thủy sản.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 11 năm 2013, thay thế Nghị định số 31/2010/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2010 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản.