Trong đó, đáng chú ý là quy định bổ sung về xác định kinh phí giao để thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Cụ thể, kinh phí quản lý hành chính giao cho các cơ quan Nhà nước thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm được xác định và giao hàng năm bao gồm: Khoán quỹ tiền lương theo số biên chế được cấp có thẩm quyền giao trên cơ sở vị trí việc làm và cơ cấu ngạch công chức; trường hợp cơ quan chưa được phê duyệt vị trí việc làm và cơ cấu ngạch công chức thì thực hiện khoán quỹ tiền lương trên cơ sở biên chế được giao năm 2013; Khoán chi hoạt động thường xuyên theo số biên chế được cấp có thẩm quyền giao trên cơ sở vị trí việc làm và cơ cấu ngạch công chức và định mức phân bổ ngân sách nhà nước hiện hành; trường hợp cơ quan chưa được phê duyệt vị trí việc làm và cơ cấu ngạch công chức thì thực hiện khoán theo số biên chế được cấp có thẩm quyền giao năm 2013; Chi mua sắm, sửa chữa thường xuyên (trừ mua sắm, sửa chữa theo đề án); Chi hoạt động nghiệp vụ đặc thù thường xuyên đã xác định được khối lượng công việc và theo tiêu chuẩn, chế độ định mức quy định của cơ quan có thẩm quyền.
Về sử dụng kinh phí được giao: Kinh phí giao được phân bổ vào nhóm chi thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Căn cứ vào tình hình thực hiện nhiệm vụ được giao, Thủ trưởng cơ quan thực hiện chế độ tự chủ tự quyết định bố trí số kinh phí được giao vào các mục chi cho phù hợp; được quyền điều chỉnh giữa các mục chi nếu xét thấy cần thiết; Cơ quan thực hiện chế độ tự chủ được vận dụng các chế độ chi tiêu tài chính hiện hành để thực hiện, nhưng không được vượt quá mức chi tối đa do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định; Trong phạm vi kinh phí giao tự chủ, cơ quan thực hiện tự chủ quyết định giao khoán toàn bộ hoặc một phần kinh phí hoạt động thường xuyên và kinh phí thực hiện các hoạt động nghiệp vụ đặc thù thường xuyên cho từng bộ phận để chủ động thực hiện nhiệm vụ. Việc quản lý và sử dụng kinh phí khoán bảo đảm đúng quy trình kiểm soát chi và chứng từ, hóa đơn theo quy định của pháp luật, trừ một số khoản chi thực hiện khoán không cần hóa đơn theo quy định của Bộ Tài chính”.
Các cơ quan Nhà nước được thực hiện chế độ tự chủ bao gồm: Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ; Văn phòng Quốc hội, Văn phòng Chủ tịch nước; Toà án nhân dân, Viện Kiểm sát nhân dân các cấp; UBND cấp xã, phường, thị trấn….
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2014 và được áp dụng kể từ năm ngân sách 2014.