Theo Thông tư, các sản phẩm, hàng hóa nhập khẩu là rượu, bia, nước giải khát, sữa chế biến, dầu thực vật, sản phẩm chế biến bột, tinh bột, bánh, mứt, kẹo và bao bì chứa đựng các sản phẩm trên (gọi là sản phẩm thực phẩm) phải chịu sự kiểm tra của cơ quan kiểm tra thuộc Bộ Công thương. Các sản phẩm thực phẩm này chỉ được phép lưu thông, tiêu thụ tại thị trường Việt Nam sau khi được cơ quan kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm cấp Thông báo thực phẩm đạt yêu cầu nhập khẩu hoặc Thông báo thực phẩm chỉ kiểm tra hồ sơ theo quy định.
Đối với thực phẩm mang theo người nhập cảnh để tiêu dùng cá nhân trong định mức được miễn thuế nhập khẩu; thực phẩm trong túi ngoại giao, túi lãnh sự; thực phẩm quá cảnh, chuyển khẩu; thực phẩm gửi kho ngoại quan; thực phẩm là mẫu thử nghiệm hoặc nghiên cứu; thực phẩm là mẫu trưng bày hội chợ, triển lãm thì được miễn kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm đối với thực phẩm nhập khẩu.
Thông tư quy định 04 phương thức kiểm tra: Kiểm tra chặt (lấy mẫu xác suất hoặc lấy tại các điểm nghi ngờ để kiểm nghiệm, đánh giá toàn diện an toàn thực phẩm đối với tất cả các lô sản phẩm của cùng lô hàng); kiểm tra thông thường (lấy mẫu xác suất (ngẫu nhiên) đủ để kiểm tra cảm quan và kiểm nghiệm một số chỉ tiêu chỉ điểm chất lượng, an toàn thực phẩm đối với lô hàng); kiểm tra giảm (lấy mẫu đại diện để kiểm tra việc ghi nhãn, tính đồng nhất của lô hàng nhập khẩu (về xuất xứ, số lô) mà không phải kiểm nghiệm mẫu để đối chiếu với hồ sơ); kiểm tra giảm chỉ kiểm tra hồ sơ (chỉ nhận và kiểm tra hồ sơ đăng ký kiểm tra, không lấy mẫu sản phẩm). Tùy từng trường hợp mà cơ quan kiểm tra áp dụng phương thức kiểm tra cụ thể.
Trước khi làm thủ tục hải quan, chủ hàng phải nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm với cơ quan kiểm tra, nộp phí và lệ phí kiểm tra theo quy định. Ngay sau khi lô hàng được phép tập kết về kho có đủ điều kiện bảo quản, chủ hàng phải chủ động xuất trình toàn bộ hồ sơ đăng ký kiểm tra theo quy định để cơ quan kiểm tra thực hiện việc kiểm tra nhà nước về an toàn thực phẩm. Chủ hàng tự chịu trách nhiệm bảo quản hàng hoá đã được kiểm tra trong suốt thời gian chờ kết luận kiểm tra của cơ quan kiểm tra hoặc quyết định của cơ quan có thẩm quyền đối với trường hợp lô hàng đã có kết luận không đạt yêu cầu nhập khẩu theo quy định; chịu trách nhiệm thanh toán toàn bộ chi phí hợp lý cho cơ quan giám sát việc xử lý các lô hàng không đạt yêu cầu nhập khẩu (gồm cả những chi phí đối với nhân viên của cơ quan giám sát.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 20 tháng 12 năm 2013.