Loài thuộc Danh mục loài được ưu tiên bảo vệ phải là loài đặc hữu hoặc có một trong các giá trị đặc biệt về khoa học, y tế, kinh tế, sinh thái, cảnh quan, môi trường, văn hóa - lịch sử và có số lượng cá thể còn ít hoặc đang bị đe dọa tuyệt chủng theo quy định của pháp luật.
Trong đó, loài có số lượng cá thể còn ít hoặc đang bị đe dọa tuyệt chủng được xác định như sau: Đối với động vật hoang dã, thực vật hoang dã, phải có một trong các điều kiện như: Suy giảm quần thể ít nhất 50% theo quan sát hoặc ước tính trong 10 năm gần nhất hoặc 03 thế hệ cuối tính đến thời điểm đánh giá; nơi cư trú hoặc phân bổ ước tính dưới 500 km2 và quần thể bị chia cắt nghiêm trọng hoặc suy giảm liên tục về khu vực phân bổ, nơi cư trú; quần thể loài ước tính có dưới 250 cá thể trưởng thành...; Đối với giống cây trồng, phải có hệ số đa dạng nguồn gen của giống thấp hơn 0,25 hoặc tỷ lệ hộ trồng dưới 10% tổng số hộ trồng tại nơi xuất xứ...
Cũng theo Nghị định này, việc nuôi, trồng loài thuộc Danh mục loài được ưu tiên bảo vệ nêu trên phải đáp ứng các điều kiện như: Loài phải có nguồn gốc hợp pháp và thuộc Danh mục loài đã đăng ký nuôi, trồng khi thành lập cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học hoặc được cơ quan có thẩm quyền cấp phép theo quy định của pháp luật; việc nuôi, trồng phải phục vụ mục đích bảo tồn đa dạng sinh học, nghiên cứu khoa học và tạo giống ban đầu được thực hiện tại cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học theo quy định của pháp luật.
Để bảo tồn các loài quý hiếm, Nghị định quy định việc cứu hộ, đưa loài thuộc danh mục loài được ưu tiên bảo vệ vào cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học và thả lại nơi sinh sống tự nhiên được quy định như sau: Các loài động vật hoang dã thuộc Danh mục loài được ưu tiên bảo vệ bị mất nơi sinh sống tự nhiên, bị lạc, sau khi xử lý tịch thu còn khỏe mạnh thì cơ quan chuyên môn của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, quyết định thả lại nơi sinh sống tự nhiên phù hợp; trong trường hợp không đảm bảo điều kiện để thả lại nơi sinh sống tự nhiên do bị thương, bị bệnh thì đưa vào cơ sở cứu hộ để cứu chữa, nuôi dưỡng, chăm sóc; Cơ sở cứu hộ khi nhận được thông báo về loài cần cứu hộ phải triển khai cứu hộ kịp thời, lập hồ sơ theo dõi đối với từng cá thể loài được cứu hộ. Sau khi cá thể loài được cứu hộ đã phục hồi, cơ sở cứu hộ phải báo cáo cơ quan chuyên môn của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh. Trường hợp cá thể loài cứu hộ bị chết trong quá trình cứu hộ, cơ sở cứu hộ phải báo cáo với cơ quan chuyên môn của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét và thực hiện phương án xử lý theo quy định tại Nghị định này. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường xây dựng và ban hành quy trình kỹ thuật về cứu hộ, tái thả lại loài được ưu tiên bảo vệ vào môi trường sống tự nhiên hoặc chuyển tới cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học phù hợp.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2014.