Đối tượng bị xử phạt vi phạm hành chính là cá nhân, tổ chức trong nước và nước ngoài có hành vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường trên lãnh thổ, vùng tiếp giáp lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam đều bị xử phạt theo các quy định tại Nghị định này hoặc các Nghị định có liên quan.
Theo Nghị định, hình thức xử phạt chính đối với hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vự bảo vệ môi trường gồm cảnh cáo, phạt tiền tối đa 01 tỷ đồng đối với cá nhân vi phạm và 02 tỷ đồng đối với tổ chức. Sau đây là hình thức xử phạt và mức phạt đối với một số hành vi vi phạm mà dư luận quan tâm.
- Đối với hành vi vi phạm các quy định về cam kết bảo vệ môi trường, của các hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ không thuộc đối tượng phải lập dự án đầu tư bị xử phạt như sau: Phạt cảnh cáo đối với hành vi thực hiện không đúng một trong các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền; phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện đầy đủ một trong các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận; phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 1.500.000 đồng đối với hành vi xây lắp không đúng, không vận hành thường xuyên hoặc vận hành không đúng quy trình đối với công trình xử lý môi trường theo quy định; phạt tiền từ 1.500.000 đồng đến 2.000.000 đồng đối với hành vi không xây lắp, không vận hành đối với công trình xử lý môi trường theo quy định, trong trường hợp chất thải vượt quy chuẩn kỹ thuật môi trường; Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 2.500.000 đồng đối với hành vi không thực hiện tất cả các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận.
- Đối với hành vi vi phạm các quy định về thực hiện cam kết bảo vệ môi trường đối với đối tượng phải lập dự án đầu tư bị xử phạt như sau: Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đúng một trong các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận; phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đầy đủ một trong các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận; phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với hành vi thực hiện không đúng, không đầy đủ chương trình quan trắc, giám sát môi trường theo quy định (về vị trí, tần suất hoặc thông số giám sát môi trường); phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi xây lắp không đúng, không vận hành thường xuyên hoặc vận hành không đúng quy trình đối với công trình xử lý môi trường theo nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận; phạt tiền từ 20.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi không xây lắp, không vận hành đối với công trình xử lý môi trường theo nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận; phạt tiền từ 25.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng đối với hành vi không thực hiện tất cả các nội dung cam kết bảo vệ môi trường đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận.
- Đối với các hành vi vi phạm các quy định về hoạt động, sinh sống ở khu vực được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định là khu vực cấm do mức độ đặt biệt nguy hiểm về môi trường đối với sức khỏe và tính mạng con người, bị xử phạt như sau: Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi sinh sống trái phép ở khu vực được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định là khu vực cấm do mức độ đặc biệt nguy hiểm về môi trường đối với sức khỏe và tính mạng con người; phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng đối với hành vi hoạt động trái phép ở khu vực được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định là khu vực cấm do mức độ đặc biệt nguy hiểm về môi trường đối với sức khỏe và tính mạng con người.
Ngoài ra, Nghị định cũng quy định các hình thức xử phạt bổ sung như: tước quyền sử dụng có thời hạn đối với các loại giấy phép, chứng nhận đạt tiêu chuẩn môi trường; tịch thu tang vật vi phạm hành chính, phương tiện được sử dụng để vi phạm; buộc khôi phục lại tình trạng môi trường ban đầu đã bị thay đổi do vi phạm hành chính gây ra; buộc tháo dỡ công trình, phần công trình xây dựng không đúng quy định về bảo vệ môi trường; buộc thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường và các biện pháp bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường và đa dạng sinh học; buộc đưa ra khỏi lãnh thổ nước Việt Nam hoặc buộc tái xuất hàng hóa, máy móc, thiết bị phương tiện, nguyên liệu, nhiên liệu, vật liệu, vật phẩm, chế phẩm sinh học và phương tiện nhập khẩu, đưa vào trong nước không đúng quy định về bảo vệ môi trường hoặc gây ô nhiễm môi trường...
Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 30/12/2013. Nghị định số 117/2009/ NĐ-CP ngày 31/12/2009 của Chính phủ về xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường hết hiệu lực kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.