Nghị định đã quy định chi tiết các mức, hình thức xử phạt và những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan thuộc trách nhiệm của cơ quan Hải quan. Cụ thể, phạt tiền từ 1-2 triệu đồng đối với hành vi tẩy xóa, sửa chữa chứng từ thuộc hồ sơ hải quan đã được đăng ký mà không ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp hoặc không vi phạm chính sách quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Phạt tiền từ 2-4 triệu đồng đối với hành vi không chấp hành quyết định kiểm tra, thanh tra thuế của cơ quan Hải quan. Hành vi đánh tráo hàng hóa đã kiểm tra hải quan với hàng hóa chưa kiểm tra hải quan sẽ bị phạt tiền từ 20-30 triệu đồng. Phạt tiền từ 40-80 triệu đồng đối với một trong các hành vi: Sử dụng niêm phong hải quan giả mạo; sử dụng chứng từ, tài liệu giả mạo, không hợp pháp, không đúng với thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để khai, nộp, xuất trình cho cơ quan hải quan mà không phải là tội phạm; sử dụng bất hợp pháp tài khoản đăng nhập, chữ ký số được cấp cho tổ chức, cá nhân khác để thực hiện thủ tục hải quan; truy cập trái phép, làm sai lệch, phá hủy hệ thống thông tin hải quan mà không phải là tội phạm.
Nghị định cũng đã bổ sung nhiều nội dung mới như: Bổ sung trường hợp xử phạt 10% số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu thuế cao hơn so với quy định của pháp luật về thuế;
Bổ sung thẩm quyền xử phạt của Bộ đội Biên phòng, trong đó quy định cụ thể về thẩm quyền xử phạt đối với chiến sĩ bộ đội biên phòng; Trạm trưởng, đội trưởng của chiến sĩ bộ đội biên phòng; Đồn trưởng đồn biên phòng, Hải đội trưởng hải đội biên phòng, Chỉ huy trưởng tiểu khu biên phòng, Chỉ huy trưởng biên phòng cửa khẩu cảng; Chỉ huy trưởng bộ đội biên phòng cấp tỉnh, Chỉ huy trưởng hải đoàn biên phòng trực thuộc Bộ Tư lệnh bộ đội Biên phòng với thẩm quyền xử phạt hành chính ở từng mức cụ thể cũng như việc áp dụng các hình thức khác.
Bổ sung thẩm quyền xử phạt của Cảnh sát biển với những mức phạt khác nhau do Cảnh sát viên cảnh sát biển; Tổ trưởng tổ nghiệp vụ cảnh sát biển; Đội trưởng đội nghiệp vụ cảnh sát biển, Trạm trưởng trạm cảnh sát biển; Hải đội trưởng hải đội cảnh sát biển; Hải đoàn trưởng hải đoàn cảnh sát biển; Chỉ huy trưởng vùng cảnh sát biển; Tư lệnh Bộ Tư lệnh cảnh sát biển xử phạt với các hình thức phạt cảnh cáo, phạt tiền, tịch thu tang vật, phương tiện và áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả;
Đồng thời, sửa đổi nhiều quy định khác của Nghị định 127 như: Hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả; Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan; Thủ tục xử phạt, thi hành quyết định xử phạt…
Nghị định có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 8 năm 2016.