Đối với thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ theo quy định của pháp luật về khoa học và công nghệ: Được miễn thuế trong thời gian thực hiện hợp đồng nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày bắt đầu có doanh thu từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng ở Việt Nam theo quy định của pháp luật và hướng dẫn của Bộ Khoa học và Công nghệ được miễn thuế tối đa không quá 05 năm kể từ ngày có doanh thu từ bán sản phẩm; thu nhập từ bán sản phẩm sản xuất thử nghiệm trong thời gian sản xuất thử nghiệm theo quy định của pháp luật. Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được miễn thuế phải đảm bảo các điều kiện sau: Có chứng nhận đăng ký hoạt động nghiên cứu khoa học; được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học có thẩm quyền xác nhận là hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên được áp dụng tại Việt Nam được miễn thuế phải đảm bảo công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng tại Việt Nam được cơ quan quản lý Nhà nước về khoa học có thẩm quyền xác nhận”.
Theo hướng dẫn của Thông tư, hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào; trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Đặc biệt, trường hợp khi thanh toán, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì phải kê khai, điều chỉnh số thuế GTGT đã được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán tiền mặt.
Ngoài ra, Thông tư cũng chỉ rõ, người nộp thuế trong thời gian tạm ngừng kinh doanh không phát sinh nghĩa vụ thuế thì không phải nộp hồ sơ khai thuế của thời gian này; tuy nhiên, nếu việc tạm ngừng kinh doanh không trọn năm dương lịch hoặc năm tài chính thì vẫn phải nộp hồ sơ quyết toán thuế năm.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/11/2014.