Đối tượng áp dụng của Quy chế là các cơ quan, tổ chức, đơn vị và cá nhân có liên quan đến công tác quản lý, giao, nhận, lưu giữ, bảo quản và kiểm định vật chứng tại kho vật chứng trong Quân đội.
Trình tự, thủ tục giao, nhận vật chứng trong Quân đội được quy định như sau: Khi cần đưa vật chứng nhập kho, xuất kho, để phục vụ hoạt động tố tụng hoặc chuyển giao sang kho vật chứng khác, Thủ trưởng cơ quan thụ lý vụ án phải có lệnh nhập kho hoặc lệnh xuất kho. Khi giao hoặc nhận vật chứng tại kho vật chứng, người giao hoặc nhận phải xuất trình lệnh nhập, xuất kho, giấy giới thiệu, chứng minh thư. Thủ kho vật chứng chỉ nhập kho hoặc xuất kho khi có đầy đủ các giấy tờ quy định. Bộ Chỉ huy quân sự cấp tỉnh kiểm tra các giấy tờ quy định; tổ chức kiểm tra vật chứng, lập biên bản giao, nhận vật chứng ghi rõ giờ, ngày, tháng năm nhập, xuất; họ tên, chức vụ của người ra lệnh nhập kho hoặc lệnh xuất kho và của người giao, người nhận; lý do nhập, xuất; chủng loại, số lượng, đặc điểm, tình trạng của vật chứng; biên bản lập thành hai bản, có chữ ký của bên giao, bên nhận; mỗi bên giữ một bản.
Trong trường hợp nghi ngờ về sự an toàn của vật chứng gửi bảo quản, cơ quan thụ lý vụ án chủ trì, phối hợp với Bộ Chỉ huy quân sự cấp tỉnh đưa vật chứng đi kiểm định tại Trung tâm kiểm định vũ khí - đạn của Bộ Quốc phòng. Trường hợp kết luận vật chứng không bảo đảm an toàn phải có biện pháp xử lý bảo đảm an toàn hoặc tiêu hủy.
Cơ quan đang thụ lý vụ án có trách nhiệm vận chuyển, bảo quản, bảo vệ vật chứng của vụ án cho đến khi nhập kho vật chứng hoặc trong quá trình trực tiếp sử dụng để phục vụ công tác điều tra, truy tố, xét xử và thi hành án. Thủ kho vật chứng thực hiện việc lưu giữ, bảo quản vật chứng trong kho đúng quy trình kỹ thuật theo nguyên tắc, tiêu chuẩn quy định của pháp luật và ngành quân khí; niêm phong, dán nhãn vật chứng, ghi rõ tên của vụ án, cơ quan gửi vật chứng của vụ án, bảo quản riêng biệt, tránh nhầm lẫn; xuất kho, nhập kho đối với vật chứng theo lệnh; ghi chép đầy đủ vào sổ kho và lập phiếu nhập kho hoặc phiếu xuất kho; tiến hành kiểm kê kho và báo cáo kết quả kiểm kê với cơ quan quản lý kho vật chứng vào ngày 25/6 và ngày 25/12 hằng năm.