Tiêu chí phân loại cảng thủy nội địa gồm: Vị trí, vai trò và tầm quan trọng của cảng thủy nội địa đối với phát triển kinh tế - xã hội của vùng, địa phương hoặc một khu vực của địa phương; quy mô của cảng thủy nội địa (cơ sở hạ tầng cảng, khả năng tiếp nhận phương tiện lớn nhất và số lượng hàng hóa, hành khách thông qua cảng trong 01 năm).
Thông tư quy định Bộ Giao thông vận tải công bố danh mục cảng thủy nội địa trên tuyến đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng đi qua hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh công bố danh mục cảng thủy nội địa trên tuyến đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương.
Trình tự công bố danh mục cảng thủy nội địa như sau:
- Cục Đường thủy nội địa Việt Nam lập danh mục cảng thủy nội địa trên tuyến đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy nội địa chuyên dùng đi qua từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên, trình Bộ Giao thông vận tải trước ngày 20/12 hàng năm để công bố;
- Sở Giao thông vận tải lập danh mục cảng thủy nội địa trên tuyến đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương, trình UBND cấp tỉnh trước ngày 20/12 hàng năm để công bố;
Việc công bố danh mục cảng thủy nội địa thực hiện trước ngày 31/12 hàng năm. Cơ quan có thẩm quyền công bố phải đăng tải danh mục cảng thủy nội địa đã công bố trên trang thông tin điện tử do mình quản lý.
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2015.