Đối tượng chịu thuế tài nguyên theo quy định tại Thông tư là các tài nguyên thiên nhiên trong phạm vi đất liền, hải đảo, nội thuỷ, lãnh hải, vùng tiếp giáp lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa thuộc chủ quyền và quyền tài phán của nước Cộng hoà Xã hội chủ nghĩa Việt Nam quy định như Khoáng sản kim loại; Khoáng sản không kim loại; Hải sản tự nhiên, gồm động vật và thực vật biển…. Người nộp thuế tài nguyên là tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên thuộc đối tượng chịu thuế tài nguyên. Đối với hoạt động khai thác tài nguyên khoáng sản thì người nộp thuế là tổ chức, hộ kinh doanh được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép khai thác khoáng sản. Doanh nghiệp khai thác tài nguyên được thành lập trên cơ sở liên doanh thì doanh nghiệp liên doanh là người nộp thuế. Tổ chức, cá nhân sử dụng nước từ công trình thuỷ lợi để phát điện là người nộp thuế tài nguyên, không phân biệt nguồn vốn đầu tư công trình thuỷ lợi.
Căn cứ tính thuế tài nguyên là sản lượng tài nguyên tính thuế, giá tính thuế tài nguyên, thuế suất thuế tài nguyên. Đối với loại tài nguyên khai thác xác định được số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng thì sản lượng tài nguyên tính thuế là số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng của tài nguyên thực tế khai thác trong kỳ tính thuế. Đối với tài nguyên không xác định được số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng thực tế của tài nguyên khai thác do chứa nhiều chất, tạp chất khác nhau và được bán ra sau khi sàng tuyển, phân loại thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định như sau: Đối với tài nguyên sau khi sàng tuyển, phân loại thu được từng chất riêng thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định theo số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng loại tài nguyên hoặc từng chất có trong tài nguyên thu được sau khi sàng tuyển, phân loại . Đối với tài nguyên khai thác có chứa nhiều chất khác nhau qua sàng, tuyển, phân loại mà không xác định được sản lượng từng chất có trong tài nguyên khai thác thì sản lượng tài nguyên tính thuế được xác định đối với từng chất căn cứ sản lượng tài nguyên thực tế khai thác (quặng) và tỷ lệ của từng chất có trong tài nguyên.
Giá tính thuế tài nguyên là giá bán đơn vị sản phẩm tài nguyên của tổ chức, cá nhân khai thác chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng nhưng không được thấp hơn giá tính thuế tài nguyên do UBND cấp tỉnh quy định.
Thuế suất thuế tài nguyên làm căn cứ tính thuế tài nguyên đối với từng loại tài nguyên khai thác được quy định tại Biểu mức thuế suất thuế tài nguyên ban hành kèm theo Nghị quyết số 712/2013/UBTVQH13 ngày 16/12/2013 của Uỷ ban thường vụ Quốc hội và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).
Theo Thông tư, các trường hợp được miễn thuế tài nguyên bao gồm: Miễn thuế tài nguyên đối với tổ chức, cá nhân khai thác hải sản tự nhiên; tổ chức, cá nhân khai thác cành, ngọn, củi, tre, trúc, nứa, mai, giang, tranh, vầu, lồ ô do cá nhân được phép khai thác phục vụ sinh hoạt; tổ chức, cá nhân khai thác nước thiên nhiên dùng cho hoạt động sản xuất thuỷ điện để phục vụ sinh hoạt của hộ gia đình, cá nhân…
Người nộp thuế tài nguyên gặp thiên tai, hoả hoạn, tai nạn bất ngờ gây tổn thất đến tài nguyên đã kê khai, nộp thuế thì được xét miễn, giảm thuế phải nộp cho số tài nguyên bị tổn thất; trường hợp đã nộp thuế thì được hoàn trả số thuế đã nộp hoặc trừ vào số thuế tài nguyên phải nộp của kỳ sau.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 20/11/2015 thay thế Thông tư số 105/2010/TT-BTC ngày 23/7/2010 của Bộ Tài chính.