Việc quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản được thực hiện theo quy định sau: Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước, theo các nội dung cụ thể sau đây: Phòng ngừa và hạn chế các tác động xấu đối với môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản; Khắc phục suy thoái, ô nhiễm môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản gây ra; Giữ gìn vệ sinh, bảo vệ và tái tạo cảnh quan môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trình Hội đồng nhân dân cùng cấp bố trí sử dụng nguồn phí bảo vệ môi trường thu được cho công tác bảo vệ môi trường tại nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Hằng năm, cơ quan thu phí bảo vệ môi trường có trách nhiệm công khai số phí bảo vệ môi trường do các doanh nghiệp đã nộp.
Về phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; với khí thiên nhiên, khí than là 50 đồng/m3; riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) là 35 đồng/m3. Đối với các khoáng sản khác, mức phí bảo vệ môi trường vẫn giữ nguyên như quy định hiện hành, từ 40.000 - 60.000 đồng/tấn với quặng sắt, quặng đất hiếm, quặng cromit; 50.000 - 70.000 đồng/tấn đối với quặng titan, quặng đá quý như kim cương, rubi, sapphire, opan quý màu đen, thạch anh tinh thể màu tím xanh… Riêng với quặng nhôm, quặng bô-xit, mức phí bảo vệ môi trường giảm còn từ 10.000 - 30.000 đồng/tấn; với đá làm vật liệu xây dựng thông thường, mức phí tăng từ 500 - 3.000 đồng/m3 lên 1.000 - 5.000 đồng/m3.
Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của các loại khoáng sản nêu trên. Đặc biệt, không thu phí bảo vệ môi trường với số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong quá trình khai thác than đến hết năm 2017. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/5/2016; thay thế Nghị định số 74/2011/NĐ-CP ngày 28/5/2011