Theo Thông tư, mức lệ phí mà người xin cấp các giấy phép sau phải nộp như sau: (1) Giấy phép lên bờ cho thuyền viên nước ngoài gồm: Thuyền viên nước ngoài làm việc trên tàu, thuyền nước ngoài trong thời gian neo đậu tại cảng biển của Việt Nam lên bờ trong thời gian từ 7h00 đến 24h00 trong phạm vi nội tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cửa khẩu cảng biển mà tàu, thuyền neo đậu là 03 USD/giấy phép; Thuyền viên nước ngoài làm việc trên tàu, thuyền nước ngoài trong thời gian neo đậu tại cảng biển của Việt Nam lên bờ nghỉ qua đêm trên bờ trong phạm vi nội tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cửa khẩu cảng biển mà tàu, thuyền neo đậu là 05 USD/giấy phép ; (2) Giấy phép xuống tàu nước ngoài: Người Việt Nam (trừ cán bộ, nhân viên của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cửa khẩu cảng biển đang thực hiện nhiệm vụ) và người nước ngoài (trừ thuyền viên thuộc định biên thuyền bộ và hành khách đi theo tàu) xuống các tàu, thuyền nước ngoài neo đậu tại cửa khẩu cảng Việt Nam để làm việc, có giá trị 03 tháng hoặc 12 tháng là 30.000 đồng/giấy phép, tương đương 1,5 USD/giấy phép; (3) Giấy phép cho người điều khiển phương tiện Việt Nam cặp mạn tàu, thuyền nước ngoài neo đậu tại cửa khẩu cảng Việt Nam là 20.000 đồng/giấy phép.; (4) Giấy phép cho người Việt Nam và người nước ngoài thực hiện các hoạt động báo chí, nghiên cứu khoa học, tham quan du lịch có liên quan đến tàu, thuyền nước ngoài, có giá trị 01 lần, mức lệ phí cấp giấy phép là 10.000 đồng/giấy phép với người dưới 16 tuổi và 20.000 đồng/giấy phép với người từ 16 tuổi trở lên.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2017.