Thông tư này quy định về phân tích nguy cơ và quản lý an toàn thực phẩm theo chuỗi sản xuất kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản và muối thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân có liên quan.
Thực phẩm cần thực hiện đánh giá nguy cơ an toàn thực phẩm khi xảy ra một hoặc một số trường hợp sau: Thực phẩm có tỷ lệ gây ngộ độc cao; thực phẩm có khả năng gây bệnh nguy hiểm; thực phẩm có kết quả lấy mẫu giám sát cho thấy tỷ lệ vi phạm các quy định, quy chuẩn kỹ thuật về an toàn thực phẩm ở mức cao; thực phẩm cần quy định hoặc bổ sung quy định về chỉ tiêu an toàn thực phẩm; thực phẩm cần phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm theo yêu cầu quản lý.
Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thuỷ sản là cơ quan chủ trì tổ chức thực hiện phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm đối với thủy sản, sản phẩm thuỷ sản và muối dùng làm thực phẩm; đồng thời là Cơ quan đầu mối phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Cục Bảo vệ Thực vật là cơ quan chủ trì tổ chức thực hiện phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm đối với thực vật và sản phẩm thực vật dùng làm thực phẩm. Cục Thú y là cơ quan chủ trì tổ chức thực hiện phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm đối với động vật và sản phẩm động vật trên cạn dùng làm thực phẩm.
Về quản lý an toàn thực phẩm theo chuỗi sản xuất kinh doanh nông lâm thuỷ sản và muối dùng làm thực phẩm, cơ quan quản lý chuyên môn trung ương: chủ trì thực hiện kiểm tra, giám sát an toàn thực phẩm đối với chuỗi sản xuất kinh doanh nông lâm thủy sản và muối có xuất khẩu theo lĩnh vực được phân công quản lý; cơ quan quản lý chuyên môn địa phương: là các cơ quan quản lý chuyên ngành do Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phân công thực hiện nhiệm vụ quản lý an toàn thực phẩm nông lâm thuỷ sản và muối tại địa phương, chịu trách nhiệm chủ trì thực hiện kiểm tra, giám sát an toàn thực phẩm đối với chuỗi sản xuất kinh doanh nông lâm thuỷ sản và muối chỉ tiêu thụ nội địa thuộc phạm vi được phân công quản lý.
Cơ quan đầu mối, Cơ quan quản lý chuyên môn trung ương, địa phương lập kế hoạch, dự trù kinh phí từ nguồn ngân sách hàng năm, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức triển khai thực hiện sau khi được phê duyệt.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 20 tháng 02 năm 2013.