Theo đó, Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về khoa học và công nghệ, bao gồm: hoạt động khoa học và công nghệ; phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ; sở hữu trí tuệ; tiêu chuẩn đo lường chất lượng; năng lượng nguyên tử, an toàn bức xạ và hạt nhân; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong lĩnh vực thuộc Bộ quản lý theo quy định của pháp luật.
Nghị định quy định Bộ Khoa học và Công nghệ có 22 nhiệm vụ, quyền hạn gồm: xây dựng văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực khoa học, công nghệ; hướng dẫn, kiểm tra đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện thuộc ngành, lĩnh vực theo danh mục do Chính phủ quy định; quản lý việc cấp, điều chỉnh, thu hồi, gia hạn các loại giấy phép, giấy chứng nhận, giấy đăng ký trong phạm vi quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực của Bộ; hướng dẫn, tổ chức thực hiện việc chứng nhận hoạt động ứng dụng, nghiên cứu, phát triển công nghệ cao và công nhận doanh nghiệp công nghệ cao; phát triển tiềm lực khoa học và công nghệ; quản lý nhà nước về hoạt động sáng kiến; quản lý hệ thống tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật của Việt Nam; quản lý nhà nước về an toàn bức xạ, phóng xạ môi trường, an toàn hạt nhân, an ninh nguồn phóng xạ, an ninh hạt nhân và thanh sát hạt nhân trong các hoạt động ứng dụng năng lượng nguyên tử…
Bộ Khoa học và Công nghệ gồm 28 đơn vị trực thuộc là: Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên; Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật; Vụ Đánh giá, Thẩm định và Giám định công nghệ; Vụ Công nghệ cao; Vụ Kế hoạch - Tổng hợp (trước đây là Vụ Kế hoạch – Tài chính); Vụ Tài chính; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Thi đua - Khen thưởng; Vụ Phát triển khoa học và công nghệ địa phương; Văn phòng Bộ; Thanh tra Bộ; Cục Công tác phía Nam (trước đây là Cơ quan đại diện của Bộ tại TP Hồ Chí Minh); Cục Ứng dụng và Phát triển công nghệ; Cục Năng lượng nguyên tử; Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia; Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ; Cục An toàn bức xạ và hạt nhân; Cục Sở hữu trí tuệ; Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng; Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc; Viện Chiến lược và Chính sách khoa học và công nghệ; Văn phòng các Chương trình trọng điểm cấp nhà nước; Báo Khoa học và Phát triển; Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam (trước đây là Tạp chí Hoạt động khoa học); Trung tâm Tin học; Trường Quản lý khoa học và công nghệ. Trong đó, Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên được tổ chức 02 phòng, Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật được tổ chức 03 phòng, Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 03 phòng, Vụ Hợp tác quốc tế được tổ chức 04 phòng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp được tổ chức 03 phòng, Vụ Tài chính được tổ chức 03 phòng, Vụ Pháp chế được tổ chức 02 phòng.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/4/2013 và thay thế Nghị định số 28/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ; bãi bỏ các quy định trước đây trái với Nghị định này.