Theo đó, các biện pháp được sử dụng để cải tạo đất trồng lúa kém chất lượng, đất trồng trọt khác từ lớp đất mặt, bao gồm: khi sử dụng lớp đất mặt để cải tạo đất trồng lúa kém chất lượng cần thực hiện biện pháp tăng độ dầy của tầng canh tác và cải tạo lý hóa tính của đất trồng lúa có tầng canh tác mỏng hoặc có các tính chất lý hóa ít phù hợp với sinh trưởng, phát triển của cây lúa như đất bạc màu, đất xám, đất cát; cải tạo đất trồng lúa trũng, thấp hoặc không bằng phẳng; đổ đất tôn cao nền ruộng, tăng độ bằng phẳng mặt ruộng; khi sử dụng lớp đất mặt để cải tạo đất trồng trọt khác cần thực hiện biện pháp đổ đất tôn cao mặt ruộng để hạn chế ngập úng; tăng độ dầy, chất lượng đất tầng canh tác; bổ sung đất vào ruộng, vườn, nương rẫy đang trồng cây công nghiệp, cây ăn quả, cây nông nghiệp khác.
Cũng theo quy định của Thông tư, việc bù bổ sung diện tích đất chuyên trồng lúa nước bị mất do chuyển mục đích sử dụng được thực hiện bằng biện pháp khai hoang, phục hóa, cụ thể: xây dựng, cải tạo, nâng cấp hệ thống thủy lợi, giao thông nội đồng đảm bảo đủ điều kiện để trồng được 2 vụ lúa/năm trở lên; cải tạo mặt bằng, tạo lớp đất mặt phù hợp hoặc cải tạo lý hóa tính đất để trồng được 2 vụ lúa/năm trở lên. Đồng thời, tiến hành cải tạo đất lúa khác bằng cách: tôn cao đất trồng lúa trũng, thấp, không chủ động tiêu nước chỉ trồng được 1 vụ lúa/năm thành đất trồng 2 vụ lúa/năm; xây dựng, cải tạo hệ thống thủy lợi, điều chỉnh độ cao mặt ruộng đối với đất trồng lúa nước nhờ nước mưa hoặc không chủ động tưới tiêu chỉ trồng được 1 vụ lúa/năm thành đất trồng lúa 2 vụ lúa/năm; xây dựng, cải tạo đất lúa nương thành đất ruộng bậc thang trồng được 2 vụ lúa /năm.
Việc lập, xét duyệt phương án tổng thể khai hoang, phục hóa, cải tạo đất trồng lúa, đất trồng trọt khác của địa phương do UBND cấp huyện lập; gửi Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để tổng hợp, báo cáo UBND cấp tỉnh phê duyệt. Nội dung phương án tổng thể gồm: quy định độ dầy lớp đất mặt của đất chuyên trồng lúa nước cần bóc khi được chuyển mục đích sử dụng phù hợp với từng loại đất chuyên trồng lúa nước trên địa bàn tỉnh; vị trí, diện tích thửa đất, khoanh đất trồng lúa kém chất lượng hoặc đất trồng trọt khác cần được cải tạo bằng việc sử dụng lớp đất mặt được bóc từ đất chuyên trồng lúa nước khi được chuyển mục đích sử dụng; vị trí, diện tích thửa đất cần khai hoang, phục hóa và đất lúa khác cần được cải tạo thành đất chuyên trồng lúa nước để bù diện tích đất chuyên trồng lúa nước bị mất khi được chuyển mục đích sử dụng......
Các chủ đầu tư cũng được lập, xét duyệt phương án sử dụng lớp đất mặt và phương án khai hoang, phục hóa, cải tạo đất lúa khác thành đất chuyên trồng lúa nước, nhưng phải căn cứ vào quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất trồng lúa, phương án tổng thể của địa phương, phối hợp với chính quyền địa phương và thỏa thuận với người sử dụng đất để lập phương án cụ thể đối với từng dự án. Hồ sơ thẩm định gồm: tờ trình thẩm định phương án theo mẫu; bản sao có chứng thực các văn bản pháp lý có liên quan đến chủ trương đầu tư và địa điểm đầu tư; Phương án bao gồm thuyết minh, khảo sát thiết kế cơ sở lập theo quy định hiện hành về đầu tư xây dựng cơ bản; kèm theo trích lục bản đồ địa chính hoặc trích đo địa chính thửa đất cần bóc lớp đất mặt và thửa đất cần cải tạo, khai hoang, phục hóa; Phương án hỗ trợ, bồi thường cho người sử dụng đất tại nơi cần cải tạo, khai hoang, phục hóa (nếu có). Hồ sơ được chủ đầu tư gửi trực tiếp hoặc qua bưu điện hai (02) bộ hồ sơ cùng phí, lệ phí theo quy định về Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nơi chủ đầu tư có dự án để xem xét, phê duyệt.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26/07/2013.