Theo đó, Thông tư quy định sửa đổi, bổ sung hệ thống mục lục ngân sách nhà nước ban hành kèm theo Quyết định số 33/2008/QĐ-BTC ngày 02/6/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về hệ thống mục lục ngân sách nhà nước và Thông tư số 217/2012/TT-BTC ngày 17/12/2012 của Bộ Tài chính quy định sửa đổi, bổ sung mục lục ngân sách nhà nước, cụ thể: Đổi tên mã Chương được ban hành tại Phụ lục số 01 kèm theo Quyết định số 33/2008/QĐ-BTC ngày 02/6/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về hệ thống mục lục ngân sách nhà nước, trong đó mã Chương 045 “Viện Khoa học xã hội Việt Nam” được đổi tên thành “Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam”; Đổi tên mã Chương 046 “Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam”, thành “Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam”. Bổ sung Khoản của Loại 520 “Y tế và các hoạt động xã hội” được ban hành tại Phụ lục số 02 kèm theo Quyết định số 33/2008/QĐ-BTC ngày 02/6/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về hệ thống mục lục ngân sách nhà nước: Khoản 534 Sự nghiệp dân số, dùng để hạch toán các khoản chi phục vụ cho các hoạt động trực tiếp liên quan công tác dân số và kế hoạch hóa gia đình.
Theo đó, mục 1900 “Thuế nhập khẩu” của Hệ thống mục lục ngân sách Nhà nước được bổ sung thêm tiểu mục 1903 - Thuế nhập khẩu bổ sung (thuế tự vệ) dùng để hạch toán phần thuế nhập khẩu áp dụng chế độ tự vệ theo quy định của pháp luật; mục 2000 “Thuế bảo vệ môi trường” được bổ sung 04 tiểu mục, gồm: Tiểu mục 2041 - Thu từ xăng nhập khẩu để bán trong nước; tiểu mục 2042 - Thu từ nhiên liệu bay nhập khẩu để bán trong nước; tiểu mục 2043 - Thu từ dầu Diezel nhập khẩu để bán trong nước và tiểu mục 2044 - Thu từ dầu hoả nhập khẩu để bán trong nước.
Đồng thời, mục 4250 “Thu tiền phạt” cũng được bổ sung thêm tiểu mục 4271 - Tiền phạt do phạm tội theo quyết định của tòa án; mục 4300 “Thu tịch thu” được bổ sung tiểu mục 4311 - Tịch thu do phạm tội hoặc do liên quan tội phạm theo quyết định của Tòa án, cơ quan thi hành án. Cũng theo Thông tư này, mục 4900 “Các khoản thu khác” được bổ sung thêm tiểu mục 4911: Tiền chậm nộp do ngành thuế quản lý và tiểu mục 4912: Tiền chậm nộp do ngành hải quan quản lý; cả 02 tiểu mục này được sử dụng để hạch toán tiền chậm nộp thuế so với thời hạn nộp theo quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn ghi trong quyết định xử lý của cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền…
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05/09/2013.