Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật là một năm. Các hành vi vi phạm hành chính về sở hữu trí tuệ đối với giống cây trồng; sản xuất, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh giống cây trồng, thuốc bảo vệ thực vật, thực vật, sản phẩm thực vật thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là hai năm.
Mức phạt tiền tối đa trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với cá nhân là 50 triệu đồng, đối với tổ chức là 100 triệu đồng. Mức phạt tiền quy định tại Nghị định này là mức phạt được áp dụng đối với hành vi vi phạm hành chính của cá nhân, tổ chức có cùng hành vi vi phạm, mức phạt tiền gấp 02 (hai) lần.
Mức xử phạt được quy định cụ thể như sau:
Đối với hành vi vi phạm hành chính về giống cây trồng: Phạt tiền từ 03 triệu đồng đến 10 triệu đồng đối với hành vi vi phạm khai thác, sử dụng nguồn gen cây trồng trong khu bảo tồn;vi phạm về điều kiện kinh doanh giống cây trồng chính đã quy định; sản xuất hạt giống cây trồng không theo đúng quy trình sản xuất từng cấp giống cây trồng đã quy định... Phạt tiền từ 10 triệu đến 20 triệu đồng đối với hành vi phá hoại nguồn gen giống cây trồng trong khu bảo tồn đến mức không thể khôi phục lại được tình trạng ban đầu; xuất khẩu quá số lượng đối với từng nguồn gen cây trồng quý hiếm so với văn bản đồng ý của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Phạt tiền từ 20-30 triệu đồng đối với hành vi sử dụng giống cây trồng đã được chấp nhận đơn đăng ký bảo hộ nhằm mục đích thương mại mà không trả tiền đền bù theo quy định tại Điều 189 Luật sở hữu trí tuệ; sử dụng Bằng bảo hộ giống cây trồng đã hết hiệu lực, bị đình chỉ hoặc hủy bỏ hiệu lực để thực hiện quyền đối với giống cây trồng... Phạt tiền từ 30 – 40 triệu đồng đối với hành vi xuất khẩu nguồn gen quý hiếm mà không được sự đồng ý bằng văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; nhập khẩu giống cây trồng, nguồn gen cây trồng chưa được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho phép bằng văn bản. Phạt tiền từ 40 – 50 triệu đồng đối với hành vi vi phạm xuất khẩu giống cây trồng thuộc Danh mục giống cây trồng quý hiếm cấm xuất khẩu; sử dụng tên giống cây trồng trùng hoặc tương tự với tên giống cây trồng đã được bảo hộ cho giống cây trồng cùng loài hoặc loài liên quan gần gũi với giống cây trồng đã được bảo hộ; sử dụng Bằng bảo hộ giống cây trồng giả để thực hiện quyền đối với giống cây trồng; nhập khẩu nguồn gen cây trồng, giống cây trồng gây hại đến sản xuất và sức khoẻ con người, môi trường, hệ sinh thái.
Đối với hành vi vi phạm quy định về bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật và thuốc bảo vệ thực vật: Phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi vi phạm không có giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật của cơ quan nhà nước có thẩm quyền khi đưa vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật từ vùng có dịch ra khỏi vùng dịch. Phạt tiền từ 01 – 03 triệu đồng đối với hành vi đưa ra khỏi vùng dịch thực vật và sản phẩm thực vật nhiễm dịch hại đã được công bố dịch nhưng chưa được xử lý; không làm thủ tục khai báo kiểm dịch thực vật trước khi nhập khẩu, xuất khẩu, vận chuyển quá cảnh vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật; không có chứng chỉ hành nghề buôn bán thuốc bảo vệ thực vật, buôn bán thuốc bảo vệ thực vật hết hạn sử dụng, buôn bán thuốc và nguyên liệu thuốc bảo vệ thực vật chung với thức ăn chăn nuôi, buôn bán thuốc bảo vệ thực vật hết hạn sử dụng…Phạt tiền từ 05 – 10 triệu đồng đối với hành vi không chấp hành các quy định về xử lý đối với vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật bị nhiễm dịch hại thuộc diện điều chỉnh của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ; không tuân thủ quy định về việc nhập khẩu, nhân nuôi và sử dụng sinh vật có ích… Đặc biệt phạt tiền từ 40 – 50 triệu đồng đối với hành vi buôn bán thuốc bảo vệ thực vật hết hạn sử dụng, thuốc không có tên trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng, hạn chế sử dụng ở Việt Nam có khối lượng từ 1.000 kilôgam (hoặc lít); nhập khẩu thuốc hoặc nguyên liệu thuốc bảo vệ thực vật trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng ở Việt Nam mà không có Giấy phép nhập khẩu thuốc bảo vệ thực vật của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Ngoài ra, tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm còn có thể bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung là: Tước quyền sử dụng giấy phép, chứng chỉ hành nghề; đình chỉ hoạt động có thời hạn; tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật. Và bị áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Điểm a, c, d, đ, e, g, h, i Khoản 1 Điều 28 Luật xử lý vi phạm hành chính; buộc chuyển đổi mục đích sử dụng hạt giống cây trồng sản xuất không theo đúng quy trình đối với từng cấp giống đã quy định; buộc tái chế đối với những thuốc, nguyên liệu thuốc bảo vệ thực vật có hàm lượng hoạt chất chỉ đạt từ 70% trở lên so với tiêu chuẩn công bố áp dụng, quy chuẩn kỹ thuật tương ứng.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/11/2013.
Nghị định này thay thế các Nghị định số 26/2003/NĐ-CP ngày 03/6/2003 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ và kiểm dịch thực vật; Nghị định số 57/2005/NĐ-CP ngày 27/4/2005 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng và Nghị định số 172/2007/NĐ-CP ngày 28/11/2007 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 57/2005/NĐ-CP ngày 27/4/2005 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng.