Thông tư liên tịch này hướng dẫn: Phân công và phối hợp thực hiện trách nhiệm quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm; phối hợp trong thanh tra, kiểm tra về an toàn thực phẩm; xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm.
Thông tư quy định nguyên tắc phân công, phối hợp quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm. Theo đó, bảo đảm nguyên tắc một sản phẩm, một cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ chịu sự quản lý của một cơ quan quản lý nhà nước. Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 Bộ trở lên trong đó có sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế thì Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý. Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương thì Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm quản lý. Đối với cơ sở kinh doanh nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 Bộ trở lên (bao gồm cả chợ và siêu thị) thì Bộ Công Thương chịu trách nhiệm quản lý trừ chợ đầu mối, đấu giá nông sản do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý. Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng thực phẩm trừ những loại dụng cụ, vật liệu bao gói chuyên dụng gắn liền và chỉ được sử dụng cho các sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương. Nếu có phát sinh, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Liên bộ giải quyết hoặc báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong trường hợp cần thiết.
Về nguyên tắc phối hợp trong thanh tra, kiểm tra về an toàn thực phẩm, Thông tư xác định rõ cơ quan chủ trì và cơ quan phối hợp theo quy định: Các bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương chủ động chủ trì tổ chức, thực hiện việc thanh tra, kiểm tra an toàn thực phẩm theo phạm vi quản lý được phân công quy định tại Luật an toàn thực phẩm, Nghị định số 38/2012/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2012 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật an toàn thực phẩm và Thông tư liên tịch này. Các bộ liên quan có trách nhiệm tham gia phối hợp công tác thanh tra, kiểm tra an toàn thực phẩm theo đề nghị của cơ quan chủ trì thực hiện hoặc theo yêu cầu của cấp có thẩm quyền.
Trường hợp tiến hành thanh tra, kiểm tra liên ngành, Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công Thương và các lực lượng liên quan tổ chức và phân công thực hiện.
Hoạt động thanh tra, kiểm tra phải bảo đảm không chồng chéo giữa các ngành, các cấp, bảo đảm hoạt động thanh tra, kiểm tra thống nhất từ Trung ương đến địa phương.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26/05/2014.