Theo Nghị định, cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, vị trí, việc làm, biên chế công chức, cơ cấu ngạch công chức và công tác của UBND cấp huyện, đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ của cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh; có chức năng tham mưu, giúp UBND cấp huyện quản lý Nhà nước về ngành, lĩnh vực ở địa phương và thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn theo sự ủy quyền của UBND cấp huyện và theo quy định của pháp luật; góp phần đảm bảo sự thống nhất quản lý của ngành hoặc lĩnh vực công tác ở địa phương.
Việc tổ chức các cơ quan chuyên môn cần phù hợp với từng loại hình đơn vị hành chính cấp huyện và điều kiện tự nhiên, dân số, tình hình phát triển kinh tế - xã hội của từng địa phương và yêu cầu cải cách hành chính nhà nước. Không chồng chéo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn với các tổ chức của các bộ, sở đặt tại cấp huyện.
Ngoài 10 cơ quan chuyên môn được tổ chức thống nhất ở tất cả các quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (bao gồm: Phòng Nội vụ; Phòng Tư pháp; Phòng Tài chính - Kế hoạch; Phòng Tài nguyên và Môi trường; Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội; Phòng Văn hóa và Thông tin; Phòng Giáo dục và Đào tạo; Phòng Y tế; Thanh tra huyện; Văn phòng Hội đồng nhân dân và UBND (hoặc Văn phòng UBND nơi thí điểm không tổ chức Hội đồng nhân dân), UBND cấp huyện còn có thể tổ chức một số cơ quan chuyên môn để phù hợp với từng loại hình đơn vị hành chính như: Phòng Kinh tế, Phòng Quản lý đô thị (ở các quận; thị xã, thành phố thuộc tỉnh); Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Phòng Kinh tế và Hạ tầng (ở các huyện) hoặc Phòng Dân tộc.
Riêng đối với các huyện đảo, Nghị định quy định: số lượng cơ quan chuyên môn của UBND huyện đảo không quá 10 phòng. Căn cứ vào các điều kiện cụ thể của từng huyện đảo, UBND cấp tỉnh trình HĐND cấp tỉnh quyết định số lượng và tên gọi các phòng chuyên môn thuộc UBND huyện đảo.
Việc bổ nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, miễn nhiệm, cho từ chức, thực hiện chế độ, chính sách đối với trưởng phòng, phó trưởng phòng các cơ quan chuyên môn do Chủ tịch UBND cấp huyện quyết định theo quy định của pháp luật. Đặc biệt, phải đảm bảo số lượng phó trưởng phòng cơ quan chuyên môn tối đa không quá 03 người.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/06/2014.