Theo Thông tư, công chức làm công tác liên quan trực tiếp đến bí mật nhà nước của ngành Thanh tra phải có phẩm chất đạo đức tốt, có ý thức cảnh giác, ý thức bảo vệ bí mật nhà nước, có tinh thần trách nhiệm cao; có chuyên môn, nghiệp vụ và năng lực để hoàn thành nhiệm vụ được giao. Thủ trưởng cơ quan thanh tra nhà nước; Thủ trưởng các cục, vụ, đơn vị thuộc Thanh tra Chính phủ có trách nhiệm bố trí công chức làm công tác liên quan đến bí mật nhà nước tại cơ quan, đơn vị mình trên cơ sở ký cam kết bảo vệ bí mật nhà nước. Văn bản cam kết được lưu trong hồ sơ cán bộ của cơ quan, đơn vị.
Thông tư quy định hành vi sau đây bị nghiêm cấm: Thu thập, cung cấp, làm lộ, làm mất, chiếm đoạt, mua bán, trao đổi, tiêu hủy trái phép tài liệu, vật mang bí mật nhà nước. Truyền tin mang nội dung bí mật nhà nước qua máy điện thoại, máy phát sóng, điện báo, máy fax, mạng máy tính, internet hoặc các phương tiện truyền tin khác khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép. Trao đổi, cung cấp cho cơ quan, tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài tài liệu, vật mang bí mật nhà nước hoặc mang tài liệu, vật mang bí mật nhà nước ra nước ngoài khi chưa được phép của người có thẩm quyền. Sao chụp tài liệu mật; ghi âm, ghi hình thông tin, hình ảnh mang nội dung bí mật nhà nước khi chưa được phép của người có thẩm quyền. Lợi dụng bảo vệ bí mật nhà nước để che giấu hành vi vi phạm pháp luật, xâm phạm quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân. Sử dụng máy tính hoặc các thiết bị khác có kết nối mạng internet để soạn thảo, đánh máy, lưu giữ thông tin, tài liệu, vật mang bí mật nhà nước; cắm thiết bị lưu giữ bí mật nhà nước vào máy tính có kết nối mạng internet.
Thông tư cũng quy định cụ thể thẩm quyền trong công tác bảo vệ bí mật nhà nước (bao gồm thẩm quyền quyết định việc in, sao, chụp, tiêu hủy tài liệu, vật mang bí mật nhà nước; cung cấp thông tin, tài liệu, vật mang bí mật nhà nước cho cơ quan, đơn vị, công dân Việt Nam và thẩm quyền cung cấp thông tin, tài liệu, vật mang bí mật nhà nước cho cơ quan, tổ chức, cá nhân nước ngoài); xác định độ mật, thay đổi độ mật, giải mật, sửa đổi, bổ sung danh mục bí mật nhà nước…
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/9/2015, thay thế Quyết định số 1657/2005/QĐ-TTCP ngày 06/9/2005 của Tổng Thanh tra ban hành Quy chế bảo vệ bí mật nhà nước trong ngành Thanh tra.