Theo Thông tư, đối tượng nộp phí là tổ chức, cá nhân đăng ký cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen. Cơ quan thu phí là Cục Bảo tồn đa dạng sinh học thuộc Tổng cục Môi trường, Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Mức thu phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen là 70.000.000 đồng/01 lần thẩm định.
Thời hạn nộp phí chậm nhất sau năm (05) ngày kể từ khi nhận được thông báo bằng văn bản của cơ quan tiếp nhận hồ sơ chấp nhận hồ sơ đăng ký là hợp lệ.
Phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí được để lại 80% (tám mươi phần trăm) số tiền phí thu được để trang trải chi phí (chi thanh toán cho cá nhân trực tiếp thực hiện công tác thẩm định và thu phí: tiền lương, tiền công, phụ cấp lương; chi phí phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện công tác thẩm định và thu phí như: văn phòng phẩm, vật tư văn phòng, thông tin liên lạc, điện, nước, công tác phí; chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ trực tiếp cho thực hiện công tác thẩm định và thu phí; chi mua sắm vật tư, nguyên liệu; chi thuê phương tiện, thiết bị phục vụ công tác thẩm định; chi tổ chức các cuộc họp thẩm định; chi thẩm định của tổ chuyên gia; chi khen thưởng, phúc lợi cho cán bộ, nhân viên trực tiếp thực hiện công tác thẩm định và thu phí). Tổng số tiền thu được còn lại 20% (hai mươi phần trăm) cơ quan thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/5/2014.
Các nội dung khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, công khai chế độ thu lệ phí không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ; Thông tư số 153/2012/TT-BTC ngày 17/9/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc phát hành, sử dụng chứng từ thu phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế khác (nếu có).